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關(guān)于肛瘺的病因，目前認(rèn)為“多數(shù)肛瘺的發(fā)生起源于肛周膿腫?！逼渌∫蛉绺亻T術(shù)后感染和肛周創(chuàng)傷等較為少見，克羅恩病等炎性腸病已證實與肛瘺有關(guān)，肛周瘺管性病變也是克羅恩病的最常見病變形式，其他如結(jié)核和某種特異性細(xì)菌病等引發(fā)者較為罕見。

年齡和性別對于肛瘺發(fā)病的影響：Sainio報道男性患者是女性的兩倍。Fitzgerald等提出的“兒童期的肛瘺是先天形成的自限性疾病”的理念。

其他因素如排便習(xí)慣方面對于肛瘺發(fā)病的影響：臨床醫(yī)生常體會到肛瘺的發(fā)病與腹瀉癥狀和稀便有一定的相關(guān)性，但未有循證醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)支持腹瀉是肛瘺發(fā)病的主要危險因素。

有關(guān)肛瘺的形成，Eisenhammer曾斷言：肛周膿腫是肛瘺之母。Grace曾分析肛周膿腫膿液，腸源性膿腫形成肛瘺的可能性較大。

有關(guān)肛瘺等肛周感染性疾病病因病理目前存在幾種學(xué)說：1.隱窩腺感染學(xué)說。2.中央間隙感染學(xué)說。3.上皮細(xì)胞致病學(xué)說。這些學(xué)說從不同角度對肛瘺的形成進(jìn)行了假說，并通過一定的臨床調(diào)研和解剖試驗加以驗證，在某些方面形成了共識，但也在有些方面在理論上形成了相互補充。

在肛瘺的認(rèn)識方面，美國結(jié)直腸外科醫(yī)師協(xié)會（ASCRS）從2005年起在肛瘺指南上從保護肛門功能的角度出發(fā)，將手術(shù)后容易導(dǎo)致肛門失禁的肛瘺均納入復(fù)雜性肛瘺的范疇，如瘺管穿越括約肌30%以上，包括高位括約肌間瘺、括約肌上瘺及括約肌外瘺、女性前側(cè)肛瘺、復(fù)發(fā)性瘺管伴有肛門失禁、局部放療后肛瘺、克羅恩病肛瘺、多個瘺管肛瘺等。在此需要指出，人類對肛腸疾病的認(rèn)識已經(jīng)從肛門和直腸的局部拓展到了盆底疾病的層面，難治性高位肛瘺不僅僅是一個肛門疾病，更應(yīng)視之為一種難治性的盆底感染性疾病。與此同時，肛瘺的形成機理也不宜僅從靜態(tài)解剖形態(tài)來看，也應(yīng)該著眼于動態(tài)的生理機能方面，思考肛門括約肌生理活動的差異引起肛瘺的新型發(fā)病學(xué)說等。